גם הרבנים הראשיים התייחסו לאירוע. הרב יונה מצגר אמר כי: "בתור רב, מפחידה אותי המחשב שאדם נכנס לבקש עצה, לשאול בהלכה או לקבל ברכה, ורוצח בדם קר את הרב שקיבל אותו. אני חושב שדבר מחריד כזה לא קרה מעולם ואנחנו צריכים לשאול את עצמנו איך הגענו למצב כזה".
הרב מצגר ספד לרב אבוחצירא: "מדובר בקדוש ומלומד בניסים. רבים נושעו בזכות ברכותיו וחסידיו הרבים נהרו לפתחו מכל עבר. הוא נודע כפועל ישועות שהקפיד כל חייו על שמירת העיניים. רבי אלעזר החזיק משפחות נזקקות רבות באזור הדרום ותמך בהן באמצעות מתן בסתר. זו טרגדיה עצומה. עם ישראל איבד את אחד מצדיקי הדור, שמי יודע כמה גזירות וכמה אסונות נמנעו זכות תפילותיו."
הרב שלמה עמאר אמר כי: "יד זדונית פגעה ברשעות ופשע באיש קדוש מגדולי ישראל, בנם של קדושי עליון, אשר הנהיג רבבות אלפי ישראל בדרך התורה ויראת שמים טהורה".